В части организации планировочной структуры Великого Новгорода новым генпланом предлагаются следующие мероприятия.
Развитие города в части жилой застройки запланировано с восточной стороны в границах районов Державинский, Деревяницкий, Сметанинская мыза — порядка 600 тысяч квадратных метром жилищного фонда. В центральной части на Торговой стороне заложена возможность реновации и реорганизации сложившейся застройки с формированием крупного общественного центра по улицам Московская и Хутынская. Сохранение сложившейся застройки на Софийской стороне и формирование общественного центра за улицей Нехинской. Южная часть Великого Новгорода имеет значительные территориальные резервы и позволяет разместить более 1,5 миллиона квадратных метров жилья.
Генеральный план предлагает развивать жилые образования в границах незастроенных территорий с учётом сложившейся планировочной структуры, сохраняя характер и типологию застройки, принятой для осваиваемой территории. При этом каждый новый планируемый район должен включать территории общественных центров, зелёных насаждений и обеспечиваться соответствующей инфраструктурой. Учитывая данный принцип, генеральный план, наряду с застройкой, формирует систему природного каркаса города как элемента планировочной структуры. На территории Великого Новгорода планируется разместить 27 озеленённых территорий общего пользования, а также зафиксировать и сохранить 58 существующих.