При реализации проекта искусственного повышения рельефа на территории за церковью Спаса Преображения в Ковалёве, где находятся остатки шести рыборазводных прудов, будет обеспечена сохранность объекта культурного наследия.
Текущая градостроительная ситуация на территории, примыкающей к церкви с юго-востока и востока разительно отличается от существовавшей с XIV по начало ХХ века. Луга и сенокосы, располагавшиеся здесь, уничтожены устройством в 1970-1980-х годах промышленных рыборазводных прудов, в ходе которого проводились как дноуглубительные работы, так и работы по устройству оградительных дамб. Изменились в том числе высотные отметки местности и восприятие памятника.
Участки с прудами юго-восточнее церкви разрешено использовать под размещение объектов капитального строительства: зданий и сооружений. На кадастровой карте в частности указано: общепит; обеспечение дорожного отдыха; склады. Для этого необходимо повышение высотных отметок земельных участков до неподтопляемых.
Будут выполнены: срезка растительного слоя и перемещение земляных масс бульдозером на гусеничном ходу; удаление корчёвочных остатков, строительного мусора и слабых грунтов; отсыпка территории грунтом. Работа виброкатков не предусмотрена.
Участок с церковью располагается в восточных окрестностях Великого Новгорода, на правом берегу реки Малый Волховец, на холме. Окрестности холма, вероятно, могли быть затапливаемы, а потому на картографическом материале XVIII-XX веков за пределами холма строения отсутствуют. Летописи сообщают о строительстве церкви Спаса Преображения на Ковалёве под 1345 годом. Вероятно, одновременно или вскоре после этого события вокруг храма основывается монастырь, что подтверждается настенными росписями, созданными в 1380 году. В 1722 году Ковалёв монастырь был упразднён.
Спасо-Преображенских храм действовал до 30-х годов ХХ века. В годы Великой Отечественной войны, оказавшись на линии фронта, он был полностью разрушен. После войны процесс разрушения продолжался. В результате к 1962 году утраты памятника равнялись 70%. К началу реставрационных работ в том же году сохранились нижние части основного объёма и пристроек. К ХХ веку относится и развитие топографических карт, информация которых свидетельствует о наличии заболоченности в окрестностях церкви Спаса Преображения на Ковалёве, растительность обозначена только луговая. Островной характер храма подтверждается космоснимком 1966 года.
В 70-80-х годах ХХ века, в связи с устройством рыборазводных прудов, ландшафт вокруг церкви к востоку от автодороги Волотово-Шолохово-Сельцо был искажён гидротехническими сооружениями.
В 2013 году «Новгородское реставрационное управление» разработало научно-проектную документацию на проведение реставрационных работ на церкви, но в полном объёме документация реализована не была. В соответствии с актом технического состояния памятника на февраль 2026 года церковь находится в удовлетворительном техническом состоянии.
Сейчас на церкви Спаса Преображения видны следы неоконченных реставрационных работ. Территория храма обнесена забором из профилированного листа. Вокруг объекта установлены неинвентарные леса. Работы не ведутся больше года.