При проведении земляных работ у церкви Двенадцати Апостолов непосредственно будет затронута верхняя часть культурных отложений, но поскольку эта территория археологически никогда не исследовалась, здесь возможно нахождение не выявленных объектов археологии. Исходя из характера планируемых работ и характеристики культурных напластований на рассматриваемой территории, производство земляных работ на участке благоустройства около церкви Двенадцати Апостолов возможно при условии проведения спасательных археологических полевых работ в виде археологических наблюдений. Общая площадь территории археологических наблюдений составит 2811 квадратных метров.
Первое упоминание в летописи о самом храме относится к 1230 году в связи с тем, что во время сильного голода архиепископ Спиридон устроил близ этого храма скудельницу (массовое захоронение): «у святых Апостол, в яме, на Прускои улице». В качестве ориентира в летописи названа Прусская улица. Название «Яма» и сменивший её впоследствии топоним «на Пропастех» указывают на существование в районе церкви Двенадцати Апостолов углубления, впадины, что подтверждается наблюдениями за современным рельефом и археологическими данными. Топоним «Яма» и «Ямки» связан с местом добычи глины. Такие глиняные карьеры в Новгороде называли «ямами глиняными», «глинищами» или просто «ямами». Одним из центров, где новгородцы издревле добывали глину для хозяйственных и производственных нужд, видимо, был район близ церкви Двенадцати Апостолов. Таким образом, устройство скудельницы в этом месте, возможно, было обусловлено уже имевшимися здесь готовыми ямами, которые использовали для захоронения тел погибших от голода новгородцев.
Тот факт, что во время мора 1230 года у церкви Двенадцати Апостолов была устроена скудельница, говорит о том, что этот храм, очевидно, был удалён от жилых районов. Появившийся впоследствии топоним «на Пропастех», сменивший первоначальный топоним «яма», дал название и храму, и монастырю: Двенадцати Апостолов на Пропастех.